NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg（实为一对引物的合并序列）在NCBI的blastn中,与ACCESSION：AY070235 （Align two or more sequences）可100%匹配,见图参数选

来源：学生作业帮助网编辑：作业帮时间：2024/04/29 12:00:38

NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg（实为一对引物的合并序列）在NCBI的blastn中,与ACCESSION：AY070235 （Align two or more sequences）可100%匹配,见图参数选
NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题
碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg（实为一对引物的合并序列）在NCBI的blastn中,与ACCESSION：AY070235 （Align two or more sequences）可100%匹配,见图

参数选择：Program Selection
Optimize for
Somewhat similar sequences (blastn)
但是只输入tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg,不输ACCESSION,gi等信息,该碱基序列与nucleotide库中比对的结果见图

,只有3’端的能匹配上,而且AY070235这个原本匹配的序列哪儿去了呢?
参数选择：Choose Search Set
Database
Others (nr etc.):nr/nt
我觉得可能是在Choose Search Set——Database——Others (nr etc.):nr/nt
上出了问题.那我应该怎么选择呢?（研究对象是细菌的基因组）

NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg（实为一对引物的合并序列）在NCBI的blastn中,与ACCESSION：AY070235 （Align two or more sequences）可100%匹配,见图参数选
同意楼上的,刚刚测试了下.
在organism处限定物种即可:Klebsiella pneumoniae.然后你只需页面搜索就能定位到你的序列.
若不限定物种,因为高度同源的序列很多,或者说符合输出条件的数量超过了NCBI反馈序列数量最大值（100条最优结果）,多出的序列就被舍弃了,而你的目的序列恰在100以后.

我看了看...
你可以在organism处填:Klebsiella pneumoniae
限制在特定的物种..
或
你的引物序列不要合并.. 中间的nnnn是你加进去的?? 一点用都没
试试:
>1
tcgccgaaagagttagca
>2
aatccatccctgtcggtg

NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg（实为一对引物的合并序列）在NCBI的blastn中,与ACCESSION：AY070235 （Align two or more sequences）可100%匹配,见图参数选引物发夹结构我用的是文章里面的引物,与NCBI里面的序列比对,符合度100%,279bp大小,但是就是扩增不出来目的片段,只有引物二聚体,现在我想比对下,看看我用的引物是不是有严重的发夹结构,请怎样用用NCBI验证引物的特异性 blast检验引物特异性NCBI上没有我所要物种的某基因序列,设计引物时我用人的序列做模版,想问下还有没有blast比对的意义,如果有该怎样去比对呢, 荧光定量PCR引物设计本人在做荧光定量PCR之前,先用Primer 3.0设计了目的基因的引物,用于半定量PCR,而且也把引物放入NCBI中进行了blast比对,得到引物为特异性引物,半定量PCR效果也跟预期一样,电求高人指教,关于生物信息学中NCBI数据库的blastn的用法.这里有一段基因序列CTGAAATGTGGAGTCAAACCTTGTACTAAGTTGGGCAATGTGGGAGCAGGAACAAAATGGTCCTTGGCCTCATAAGTGTTTTACTGTCTGGGCCCGTGACTGGCCAAGTGACCCTCAGCCTGAGTAGCTGGAGTGGTAAGTCAGTGACATG 如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对用ncbi中primer-blast设计的引物怎么不告诉我有不有引物二聚体? PCR无法P出目的条带最近在做PCR,提取的基因组为模板,基因组序列上从NCBI上找的,没有错.但是无论如何换引物和PCR条件,都会得到一条比目的片段大500bp左右的亮条带.（引物换了很多对儿,卡的 ncbi上的基因序列是编码链还是模板链呢?如果通过基因名选择,出来是一个反向的序列,对引物设计有无影响? pp5引物设计用PRIMER自动搜索设计的多对引物中,能不能用一对引物的上游与另一对引物的下游配对用NCBI进行多物种同源性比对,Ident一栏的99%就是平时论文里说到的物种与物种之间的相似性吗? 如何在NCBI上寻找要扩增的序列?我要用PRIMER 设计引物.位点是CYP2C19*2,是一个SNP的位点.我在NCBI里查到了这个基因的信息.现在我有3个问题如下：1.引物设计的对象是FASTA中的序列还是GENEBANK中的在NCBI中怎么用已知的引物找目的基因（微生物） ncbi上的blast序列比对工具怎么使用,求具体操作指南. 动物dna序列为什么在ncbi上比对完和植物的该基因相似 ncbi 蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specific hit/non-specific hit 我做的两个基因,他们的蛋白相似性都在50%以上,但核酸相似性,甚至是mRNA相似性用BLASTN却比对不上,这说明什么?